El fundador del Colegio Mons. Isasa fue el Sacerdote Jesuita Roberto Bertón, con el apoyo de numerosos católicos, construyó el Colegio en la calle Rossell y Rius con el objetivo de educar a los niños del barrio. El nombre de la institución es Monseñor Ricardo Isasa, quien fue uno de los primeros obispos del Uruguay. La familia de Mons. Isasa donó a los jesuitas la quinta donde éste vivió hasta su muerte, en la cual se estableció la Residencia San Ignacio y se construyó el templo del mismo nombre y el Colegio, cumpliéndose así un anhelado sueño de Monseñor.
El 13 de marzo de 1944 se iniciaron los cursos de los tres primeros años de enseñanza primaria. La inauguración oficial tuvo lugar el 1° de julio del mismo año. En un principio fue solamente una escuela de varones, pasando luego a ser mixta. En 1947 se completó todo el ciclo de Primaria.
La secundaria se incorporó en 1958, propiciada por el Padre Carlos Mullin, S.J., Provincial de la Compañía en Uruguay. El Colegio Mons. Isasa tuvo el primer liceo mixto privado, dirigido por religiosos en el Uruguay.
En el año 1988 un equipo de laicos con la Dirección General a cargo de la Dra. Magela Damiani asumió la gestión por encargo de la Compañía de Jesús.
El deseo del personal y de las familias de continuar con la presencia religiosa en el Colegio hizo posible la permanencia de la Hermana Ma. Emilia Delacroix por varios años, quien aportó al Colegio su consejo y guía espiritual.
Desde fines de 1996 el Colegio comenzó un proceso de crecimiento edilicio y de alumnado. La primera etapa de ampliación constó de un segundo piso, un laboratorio, sala de informática y un nuevo emplazamiento para la administración y secretaría. La segunda de dos salones más, biblioteca, sala de video, adscripción y oratorio. También se realizó el techado de una parte del patio, previendo en su construcción la posterior concreción de un salón de actos y gimnasio totalmente techado en la planta alta.
Las obras permitieron duplicar el alumnado de secundaria a partir del año 1998.
En el año 2006 se realizó una alianza con el Colegio del Luján, de las Hermanas Salesianas. El Colegio Monseñor Isasa se ha concentrado exclusivamente en el ciclo secundario, creando, a partir de ese momento, tres grupos por cada nivel. Esto significó volver a reacondicionar la planta física construyendo cinco nuevos salones, otra batería de baños y una nueva escalera de acceso a la planta alta, que se han inaugurado en marzo de 2009.
El actual equipo de Dirección está integrado por :
Directora General Sra. Leticia Monestier.
Directora de Secundaria Prof. Alicia Fripp.
Coordinador Académico Pastoral Hna. Nancy Yoris; Prof. Lucía González.
Han sido sesenta y cinco años de historia, intentando vivir el espíritu de San Ignacio de Loyola: “En todo amar y servir”.
